Um in Gnome 3 die Startprogramme zu verwalten, kann man einfach die Session Properties aufrufen

gnome-session-properties


Dann erscheint der gewohnte Dialog. Die Einträge werden unter .config/autostart abgelegt und lassen sich auch gewöhnlich editieren

[Desktop Entry]
Version=1.0
Encoding=UTF-8
Name=GNOME Do
Type=Application
Exec=gnome-do
Terminal=false
Icon=gnome-do
Comment=Do rockt!
Categories=Utility;
Hidden=true