Wenn man vom selben Video zwei Versionen hat in unterschiedlichen Sprachen, diese aber in ein einzelnes konvertieren möchte, das beide beinhaltet, dann ist ffmpeg wieder mal unser Freund. Coole Sache und schnell erledigt…

ffmpeg -i *English.mp4 -i *German.mp4 \                                                                                                                                   
  -map 0:v:0 -map 0:a:0 -map 1:a:0 \
  -c:v copy -c:a copy \
  -metadata:s:a:0 language=eng -metadata:s:a:0 title="English" \
  -metadata:s:a:1 language=deu -metadata:s:a:1 title="Deutsch" \
  multilang.mkv

Hier wird default die englische Version verwendet, optional kann man aber auch die deutsche Spur wählen. ffmeg rockt!